Микробиота органов урогенитальной системы


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.1.116-120

З.А. Кадыров, В.Н. Степанов, М.В. Фаниев, Ш.В. Рамишвили

Кафедра эндоскопической урологии факультета непрерывного медицинского образования медицинского института ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»
В статье представлен обзор современной литературы по исследованию микробиоты органов мочеполовой системы методами хромато-масс-спектрометрии и секвенирования мочи. При анализе микробиомы разных органов данные хромато-масс-спектрометрии и метод секвенирования показывают случаи заражения потенциальными патогенными микроорганизмами, которые часто пропускаются во время рутинного посева мочи из-за специфических требований роста.

Литература


1. Lederberg J. Ome sweet, omicsa genealogical treasury of words. J. Lederberg. The Scientist. 2001.


2. Marchesi J.R., Ravel J. The vocabulary of microbiome research: a proposal. Microbiome. 2015;3:31. Doi: 10.1186/s40168-015-0094-5.


3. Breusov A.A., Kul'chavenja E.V., Cherednichenko A.G., Stovbun S.V. What does abacterial prostatitis mask? Vestnik urologii. 2017;5(2):34–41. Russian (Бреусов А.А., Кульчавеня Е.В., Чередниченко А.Г., Стовбун С.В. Что скрывается за диагнозом абактериальный простатит? Вестник урологии. 2017;5(2):34–41).


4. Nikonov E.L., Gurevich K.G. Microbiota of different body loci. Scientific report. Russian Academy of Sciences. 2017. P. 1–37. Russian (Никонов Е.Л., Гуревич К.Г. Микробиота различных локусов организма. Научный доклад. Российская академия наук. 2017. С. 1–37).


5. Jason L.P., Galeb A.-A., Curtis H. The healthy human microbiome. Genome Med. 2016;8:51. Doi: 10.1186/s13073-016-0307-y.


6. Drake M.J. et al. The urinary microbiome and its contribution to lower urinary tract symptoms; ICI-RS 2015. Neurourol Urodyn. 2017;36(4):850–853. Doi: 10.1002/nau.23006.


7. Lokshin K.L. Prostatitis: what’s new and useful in basic and clinical trials? Vestnik urologii. 2017;5(4):69–78. Russian (Локшин К.Л. Простатит: что нового и полезного в фундаментальных и клинических исследованиях? Вестник урологии. 2017;5(4):69–78).


8. Osipov G.A. Chromatography-mass spectrometric analysis of microorganisms and microbial associations in clinical samples in patients with infections and dysbiosis. Chemical analysis in medical diagnostics. M.: Nauka, 2010. P. 293–368. Russian (Осипов Г.А. Хромато-масс-спектрометрический анализ микроорганизмов и сообществ в клинических пробах при инфекциях и дисбиозах. Химический анализ в медицинской диагностике. М.: Наука, 2010. С. 293–368).


9. Osipov G.A. Determination of the type and quantity of microorganisms in the intestinal wall by chromatography-mass spectrometry using cellular fatty acids. SPb., 2016. 41 P. Russian (Осипов Г.А. Определение состава и количества микроорганизмов кишечной стенки методом хромато-масс-спектрометрии по клеточным жирным кислотам. СПб., 2016. 41 с.).


10. Osipov G.A. Rodionov G.G. Human microecology in normal and pathological conditions according to mass spectrometry of microbial markers. Biomedical and socio-psychological safety problems in emergency situations. 2013;2:43–53. Russian (Осипов Г.А., Родионов Г.Г. Микроэкология человека в норме и патологии по данным масс-спектрометрии микробных маркеров. Медико-биологические и социально-психологические проблемы безопасности в чрезвычайных ситуациях. 2013;2:43–53).


11. Gluhovec B.I., Hodareva A.G. Analysis of microbiocenosis of the reproductive system by chromatography-mass spectrometry (practical guide). Laboratoriya mikrobnoi hromatografii. SPb., 2016. 43 p. Russian (Глуховец Б.И., Ходарева А.Г.Анализ микробиоценоза репродуктивной системы методом хромато-масс-спектрометрии (практическое пособие). Лаборатория микробной хроматографии. СПб., 2016. 43 с.).


12. Nickel J.C. Prostatitis. Can UrolAssoc J. 2011;5(5):306–315.


13. Nickel J.C. et al. MAPP Research Network. Search for Microorganisms in Men with Urologic Chronic Pelvic Pain Syndrome: A Culture-Independent Analysis in the MAPP Research Network. J Urol. 2015;194(1):127–135. Doi: 10.1016/j.juro.2015.01.037


14. Whiteside S.A. et al. The microbiome of the urinary tract a role beyond infection. Nat. Rev. Urol. 2015;12(2):81–90. Doi: 10.1038/nrurol.2014.361.


15. Zaharova I.N. Microbioma, microbiota. What’s new? Medicinskyi sovet. 2016;16:92–97. Russian (Захарова И.Н. Микробиома, микробиота. Что нового? Медицинский Совет. 2016;16:92–97).


16. Karstens L. et al. Community profiling of theurinarymicrobiota: considerations for low-biomass samples. Nat Rev Urol. 2018;15(12):735–749. Doi: 10.1038/s41585-018-0104-z.


17. Hiergeist A., Gessner A. Clinical implications of the microbiome in urinary tract diseases. Curr. Opin. Urol. 2017;27(2):93–98. Doi: 10.1097/MOU.00000000000003675-4569(18)30246-3.


18. Mouraviev V., McDonald M. An implementation of next generation sequencing for prevention anddiagnosisof urinary tract infection in urology. Can J Urol. 2018;25(3):9349–9356.


19. Nikonov E.L., Gurevich K.G. Microbiota of different body loci. Scientific report. Russian Academy of Sciences. 2017. P. 1–37. Russian (Никонов Е.Л., Гуревич К.Г. Микробиота различных локусов организма. Научный доклад. Российская академия наук. 2017. С. 1–37.)


20. Brubaker L., Wolfe A.J. The Female Urinary Microbiota/Microbiome: Clinical and Research Implications. Rambam Maimonides Med J. 2017;8(2):28. Doi: 10.5041/RMMJ.10292.


21. Jason L.P., Galeb A.-A., Curtis H. The healthy human microbiome. Genome Med. 2016;8:51. Doi: 10.1186/s13073-016-0307-y.


22. Thomas-White K.J. et al. Evaluation of the urinary microbiota of women with uncomplicated stress urinary incontinence. Am. J. Obstet. Gynecol. 2017;216:55.e1–55.e16.


23. Thomas-White K.J. et al. Incontinence medication response relates to the female urinary microbiota. Int. Urogynecol J. 2016;27:723–733. https://doi.org/10.1007/s00192-015-2847-x


24. Morand A. et al. Human bacterial repertoire of the urinary tract: a potential paradigm shift. J Clin. Microbiol. 2018 (Nov 7):pii: JCM.00675-18. Doi:10.1128/JCM.00675-18.


25. Zampini A. et al. иDefining Dysbiosisin Patientswith Urolithiasis. SciRep. 2019;9(1):5425. Doi: 10.1038/s41598-019-41977-6.


26. Bajic P. et al. Male Bladder Microbiome Relates to Lower Urinary Tract Symptoms. Eur Urol Focus. 2018 (Aug 21). pii: S2405-4569(18)30220-7. Doi: 10.1016/j.euf.2018.08.001.


27. Ford A.A., Veit-Rubin N., Cardozo L., Khullar V. Is theиmicrobiome influencing patient care in lower urinary tract dysfunction? Report from the ICI-RS 2017. NeurourolUrodyn. 2018;37(S4):S93–S98. Doi: 10.1002/nau.23708. Review.


28. Moustafa А. et al. Microbial metagenome of urinary tract infection. SciRep. 2018;8(1):4333. Doi: 10.1038/s41598-018-22660-8.


29. Paalanne N. et al. Intestinalmicrobiomeas a risk factor forurinary tractinfections in children. Eur J ClinMicrobiol Infect Dis. 2018 (Jul 13). doi: 10.1007/s10096-018-3322-7.


30. Porter C.M., Shrestha E., Peiffer L.B., Sfanos K.S. The microbiome in prostate inflammation and prostate cancer. Prostate Cancer Prostatic Dis. 2018;21(3):345–354. Doi: 10.1038/s41391-018-0041-1.


31. Antunes-Lopes T. et al. The Role of Urinary Microbiota in Lower Urinary Tract Dysfunction: A Systematic Review. EurUrol Focus. 2018. pii: S2405-4569(18)30283-9. Doi: 10.1016/j.euf.2018.09.011.


32. Drake M.J. et al. The urinary microbiome and its contribution to lower urinary tract symptoms; ICI-RS 2015. Neurourol Urodyn. 2017;36(4):850–853. Doi: 10.1002/nau.23006. Review.


33. Magistro G., G.Stief C. The Urinary Tract Microbiome: The Answer to All Our Open Questions? EurUrol Focus. 2018;(Jul 2):pii: S2405-4569(18)30159-7. Doi: 10.1016/j.euf.2018.06.011.


34. Shoskes D.A. et al. The Urinary Microbiome Differs Significantly Between Patients With Chronic Prostatitis. Chronic Pelvic Pain Syndrome and Controls as Well as Between Patients 32. Doi: 10.1016/j.urology.2016.02.043.


35. Chaplin A.V., Rebrikov D.V., Doldyreva M.N. Human microbiota. Vestnit RGMU. 2017;2:5–13. Russian (Чаплин А.В., Ребриков Д.В., Долдырева М.Н. Микробиот человека. Вестник РГМУ. 2017;2:5–13).


36. Pearce M.M. et al. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. MBio. 2014;5:e01283–14. https://doi.org/10.1128/mBio.01283-14.


37. Curtiss N. et al. Age, menopausal status and the bladder microbiome. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 2018;228:126–129. Doi: 10.1016/j.ejogrb. 2018.06.011.


38. Hyman R.W. et al. The dynamics of the vag- inal microbiome during infertility therapy with in-vitro fertilization embrio transfer. J. Assist. Reprp. Genet. 2012;29(2):105–115.


39. Akgül T., Karakan T. The role of probiotics in women with recurrent urinary tract infections. Turk. J Urol. 2018;44(5):377–383. Doi: 10.5152/tud.2018.48742.


40. Skonieczna-Żydecka K. et al. A Systematic Review, Meta-Analysis, and Meta-Regression Evaluating the Efficacy and Mechanisms of Action of Probiotic sand Synbiotic sin the Prevention of Surgical Site Infection sand Surgery-Related Complications. J ClinMed. 2018;7(12):pii:E556. Doi::10.3390/jcm7120556.


Об авторах / Для корреспонденции


А в т о р д л я с в я з и: З. А. Кадыров – д.м.н., профессор, заведующий кафедрой эндоскопической урологии факультета непрерывного медицинского образования медицинского института ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов», Москва, Россия, е-mail: zieratsho@yandex.ru


Похожие статьи


Бионика Медиа